Al principio la collezione, selezionata da monsignor Guido Anichini, era costituita soprattutto dalle sculture che decoravano la Cattedrale, prima che questa venisse trasformata secondo la moda neoclassica su progetto dell’architetto fiorentino Ferdinando Fuga alla fine del XVIII secolo.
Si potevano così osservare al museo rilievi rinascimentali e barocchi, ma anche altri reperti provenienti da chiese distrutte o non più utilizzate. A ciò si aggiunse un rilevante prestito di opere provenienti dal Museo Nazionale di Palermo (oggi Galleria Regionale di Palazzo Abatellis) che annoverava, tra le altre cose, pitture di Giorgio Vasari, Marco Pino e Antonio Alberti detto il Barbalonga, quest’ultima ancora oggi presente in mostra.