Il Museo si dispiega in 27 sale sui tre livelli del fronte di via Bonello del Palazzo Arcivescovile, esponendo circa 300 opere tra pitture, sculture e arti decorative dal XII al XIX secolo. L’adattamento a Museo della sede e il restauro degli ambienti, finanziati dall’Assessorato Regionale ai BB.CC. e all’Identità Siciliana, si devono alla Soprintendenza ai BB.CC.AA.